اما زیارت مختصّ به حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام) چنان که سید ابن طاووس در کتاب «مزار» نقل کرده آن است که چون خواستی آن حضرت را زیارت کنی، سزاوار است غسل کنی و بعد با آرامش و وقار به زیارت روانه شوی، همین که به در حرم رسیدی بایست و بگو:
اللّهُ أَکبَرُ، اللّهُ أَکبَرُ، لَاإِلهَ إِلّا اللّهُ، وَاللّهُ أَکبَرُ، الْحَمْدُ لِلّهِ عَلَی هِدایتِهِ لِدِینِهِ، وَالتَّوْفِیقِ لِمَا دَعا إِلَیهِ مِنْ سَبِیلِهِ. اللّهُمَّ إِنَّک أَکرَمُ مَقْصُودٍ، وَأَکرَمُ مَأْتِی، وَقَدْ أَتَیتُک مُتَقَرِّباً إِلَیک بِابْنِ بِنْتِ نَبِیک صَلَوَاتُک عَلَیهِ وَعَلَی آبائِهِ الطَّاهِرِینَ وَأَبْنائِهِ الطَّیبِینَ. اللّهُمَّ صَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ وَلَا تُخَیبْ سَعْیی، وَلَا تَقْطَعْ رَجائِی، وَاجْعَلْنِی عِنْدَک وَجِیهاً فِی الدُّنْیا وَالْآخِرَةِ وَمِنَ الْمُقَرَّبِینَ.
بعد وارد شو و پای راست خود را مقدّم دار و بگو:
بِسْمِ اللّهِ، وَبِاللّهِ، وَفِی سَبِیلِ اللّهِ، وَعَلَی مِلَّةِ رَسُولِ اللّهِ صَلَّی اللّهُ عَلَیهِ وَآلِهِ. اللّهُمَّ اغْفِرْ لِی وَ لِوالِدَی وَ لِجَمِیعِ الْمُؤْمِنِینَ وَالْمُؤْمِناتِ.
همین که به در بارگاه شریف رسیدی بایست و درخواست اجازه کن و بگو:
أَأَدْخُلُ یا رَسُولَ اللّهِ؟ أَأَدْخُلُ یا نَبِی اللّهِ؟ أَأَدْخُلُ یا مُحَمَّدَ بنَ عَبْدِاللّهِ؟ أَأَدْخُلُ یا أَمِیرَ الْمُؤْمِنِینَ؟ أَأَدْخُلُ یا أَبا مُحَمَّدٍ الْحَسَنَ؟ أَأَدْخُلُ یا أَبا عَبْدِاللّهِ الْحُسَینَ؟ أَأَدْخُلُ یا أَبا مُحَمَّدٍ عَلِی بْنَ الْحُسَینِ؟ أَأَدْخُلُ یا أَبا جَعْفَرٍ مُحَمَّدَ ابْنَ عَلِی؟ أَأَدْخُلُ یا أَبا عَبْدِاللّهِ جَعْفَرَ بْنَ مُحَمَّدٍ؟ أَأَدْخُلُ یا مَوْلای یا أَبَا الْحَسَنِ مُوسَی بْنَ جَعْفَرٍ؟ أَأَدْخُلُ یا مَوْلای یا أَبا جَعْفَرٍ؟ أَأَدْخُلُ یا مَوْلای مُحَمَّدَ ابْنَ عَلِی؟
سپس وارد شو و «چهار مرتبه» بگو: «اللّه أکْبَرُ» و برابر قبر بایست و قبله را پشت کتف خود قرار بده، آنگاه بگو:
السَّلامُ عَلَیک یا وَلِی اللّهِ وَابْنَ وَلِیهِ، السَّلامُ عَلَیک یا حُجَّةَ اللّهِ وَابْنَ حُجَّتِهِ، السَّلامُ عَلَیک یا صَفِی اللّهِ وَابْنَ صَفِیهِ، السَّلامُ عَلَیک یا أَمِینَ اللّهِ وَابْنَ أَمِینِهِ، السَّلامُ عَلَیک یا نُورَ اللّهِ فِی ظُلُماتِ الْأَرْضِ، السَّلامُ عَلَیک یا إِمامَ الْهُدی، السَّلامُ عَلَیک یا عَلَمَ الدِّینِ وَالتُّقی، السَّلامُ عَلَیک یا خازِنَ عِلْمِ النَّبِیینَ، السَّلامُ عَلَیک یا خازِنَ عِلْمِ الْمُرْسَلِینَ، السَّلامُ عَلَیک یا نائِبَ الْأَوْصِیاءِ السَّابِقِینَ،
السَّلامُ عَلَیک یا مَعْدِنَ الْوَحْی الْمُبِینِ، السَّلامُ عَلَیک یا صاحِبَ الْعِلْمِ الْیقِینِ، السَّلامُ عَلَیک یا عَیبَةَ عِلْمِ الْمُرْسَلِینَ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْإِمامُ الصَّالِحُ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْإِمامُ الزَّاهِدُ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْإِمامُ الْعابِدُ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْإِمامُ السَّیدُ الرَّشِیدُ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْمَقْتُولُ الشَّهِیدُ، السَّلامُ عَلَیک یا ابْنَ رَسُولِ اللّهِ وَابْنَ وَصِیهِ، السَّلامُ عَلَیک یا مَوْلای مُوسَی بْنَ جَعْفَرٍ وَرَحْمَةُ اللّهِ وَبَرَکاتُهُ؛
أَشْهَدُ أَنَّک قَدْ بَلَّغْتَ عَنِ اللّهِ مَا حَمَّلَک، وَحَفِظْتَ مَا اسْتَوْدَعَک، وَحَلَّلْتَ حَلالَ اللّهِ، وَحَرَّمْتَ حَرامَ اللّهِ، وَأَقَمْتَ أَحْکامَ اللّهِ، وَتَلَوْتَ کتابَ اللّهِ، وَصَبَرْتَ عَلَی الْأَذی فِی جَنْبِ اللّهِ، وَجاهَدْتَ فِی اللّهِ حَقَّ جِهادِهِ حَتَّی أَتَاک الْیقِینُ، وَأَشْهَدُ أَنَّک مَضَیتَ عَلَی مَا مَضی عَلَیهِ آباؤُک الطَّاهِرُونَ وَأَجْدادُک الطَّیبُونَ الْأَوْصِیاءُ الْهادُونَ الْأَئِمَّةُ الْمَهْدِیونَ، لَمْ تُؤْثِرْ عَمی عَلَی هُدی، وَلَمْ تَمِلْ مِنْ حَقٍّ إِلی باطِلٍ،
وَأَشْهَدُ أَنَّک نَصَحْتَ لِلّهِ وَ لِرَسُولِهِ وَلِأَمِیرِ الْمُؤْمِنِینَ، وَأَنَّک أَدَّیتَ الْأَمانَةَ، وَاجْتَنَبْتَ الْخِیانَةَ، وَأَقَمْتَ الصَّلاةَ، وَآتَیتَ الزَّکاةَ، وَأَمَرْتَ بِالْمَعْرُوفِ، وَنَهَیتَ عَنِ الْمُنْکرِ، وَعَبَدْتَ اللّهَ مُخْلِصاً مُجْتَهِداً مُحْتَسِباً حَتَّی أَتَاک الْیقِینُ، فَجَزاک اللّهُ عَنِ الْإِسْلامِ وَأَهْلِهِ أَفْضَلَ الْجَزاءِ وَأَشْرَفَ الْجَزاءِ؛
أَتَیتُک یا ابْنَ رَسُولِ اللّهِ زائِراً، عارِفاً بِحَقِّک مُقِرّاً بِفَضْلِک، مُحْتَمِلاً لِعِلْمِک، مُحْتَجِباً بِذِمَّتِک، عائِذاً بِقَبْرِک، لائِذاً بِضَرِیحِک، مُسْتَشْفِعاً بِک إِلَی اللّهِ، مُوالِیاً لِأَوْلِیائِک، مُعادِیاً لِأَعْدائِک، مُسْتَبْصِراً بِشَأْنِک وَبِالْهُدَی الَّذِی أَنْتَ عَلَیهِ، عالِماً بِضَلالَةِ مَنْ خالَفَک وَبِالْعَمَی الَّذِی هُمْ عَلَیهِ،
بِأَبِی أَنْتَ وَأُمِّی وَنَفْسِی وَأَهْلِی وَمالِی وَوَلَدِی یا ابْنَ رَسُولِ اللّهِ أَتَیتُک مُتَقَرِّباً بِزِیارَتِک إِلَی اللّهِ تَعَالی، وَمُسْتَشْفِعاً بِک إِلَیهِ فَاشْفَعْ لِی عِنْدَ رَبِّک لِیغْفِرَ لِی ذُنُوبِی، وَیعْفُوَ عَنْ جُرْمِی، وَیتَجاوَزَ عَنْ سَیئاتِی، وَیمْحُوَ عَنِّی خَطِیئاتِی، وَیدْخِلَنِی الْجَنَّةَ، وَیتَفَضَّلَ عَلَی بِما هُوَ أَهْلُهُ، وَیغْفِرَ لِی وَلِآبائِی وَلِإِخْوانِی وَأَخَواتِی وَ لِجَمِیعِ الْمُؤْمِنِینَ وَالْمُؤْمِناتِ فِی مَشارِقِ الْأَرْضِ وَمَغَارِبِهَا بِفَضْلِهِ وَجُودِهِ وَمَنِّهِ.
سپس خود را بر قبر بینداز و آن را ببوس و دو طرف صورت خود را بر آن بگذار و به آنچه که خواهی دعا کن، آنگاه رو به سوی بالای سر برگرد و بگو:
السَّلامُ عَلَیک یا مَوْلای یا مُوسَی بْنَ جَعْفَرٍ وَرَحْمَةُ اللّهِ وَبَرَکاتُهُ، أَشْهَدُ أَنَّک الْإِمامُ الْهادِی وَالْوَلِی الْمُرْشِدُ، وَأَنَّک مَعْدِنُ التَّنْزِیلِ، وَصَاحِبُ التَّأْوِیلِ، وَحَامِلُ التَّوْرَاةِ وَالْإِنْجِیلِ، وَالْعَالِمُ الْعَادِلُ، وَالصَّادِقُ الْعَامِلُ، یا مَوْلای أَنَا أَبْرَأُ إِلَی اللّهِ مِنْ أَعْدائِک، وَأَتَقَرَّبُ إِلَی اللّهِ بِمُوالاتِک، فَصَلَّی اللّهُ عَلَیک وَعَلَی آبائِک وَأَجْدادِک وَأَبْنائِک وَشِیعَتِک وَمُحِبِّیک وَرَحْمَةُ اللّهِ وَبَرَکاتُهُ.
آنگاه دو رکعت نماز زیارت بخوان و در آن دو رکعت سوره «یس» و «الرّحمن» یا هر سوره ای از قرآن که برایت آسان باشد قرائت کن، سپس به آنچه می خواهی دعا کن.
شیخ مفید و شیخ شهید و محمّد بن مشهدی فرموده اند: چون خواستی موسی بن جعفر(علیه السلام) را در بغداد زیارت کنی، غُسل کن و به سوی حرم شریف رو کن و بر در حَرَم بایست و اذن دخول بخواه، آنگاه وارد حرم شو و بگو:
بِسْمِ اللّهِ وَبِاللّهِ، وَفِی سَبِیلِ اللّهِ، وَعَلَی مِلَّةِ رَسُولِ اللّهِ صَلَّی اللّهُ عَلَیهِ وَآلِهِ، وَالسَّلامُ عَلَی أَوْلِیاءِ اللّهِ.
سپس برو تا برابر قبر حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام) قرار گیری، چون نزد قبر ایستادی بگو:
السَّلامُ عَلَیک یا نُورَ اللّهِ فِی ظُلُماتِ الْأَرْضِ، السَّلامُ عَلَیک یا وَلِی اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا حُجَّةَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا بابَ اللّهِ، أَشْهَدُ أَنَّک أَقَمْتَ الصَّلاةَ، وَآتَیتَ الزَّکاةَ، وَأَمَرْتَ بِالْمَعْرُوفِ، وَنَهَیتَ عَنِ الْمُنْکرِ، وَتَلَوْتَ الْکتَابَ حَقَّ تِلاوَتِهِ، وَجَاهَدْتَ فِی اللّهِ حَقَّ جِهادِهِ، وَصَبَرْتَ عَلَی الْأَذَی فِی جَنْبِهِ مُحْتَسِباً، وَعَبَدْتَهُ مُخْلِصاً حَتَّی أَتَاک الْیقِینُ، أَشْهَدُ أَنَّک أَوْلَی بِاللّهِ وَبِرَسُولِهِ، وَأَنَّک ابْنُ رَسُولِ اللّهِ حَقّاً، أَبْرَأُ إِلَی اللّهِ مِنْ أَعْدائِک، وَأَتَقَرَّبُ إِلَی اللّهِ بِمُوالاتِک، أَتَیتُک یا مَوْلای عارِفاً بِحَقِّک، مُوالِیاً لِأَوْلِیائِک، مُعادِیاً لِأَعْدائِک، فَاشْفَعْ لِی عِنْدَ رَبِّک.
پس خود را بر قبر بینداز و آن را ببوس و گونه هایت را به روی آن بگذار، آنگاه برگرد و به سوی بالای سر بیا و بایست و چنین بگو:
السَّلامُ عَلَیک یا ابْنَ رَسُولِ اللّهِ، أَشْهَدُ أَنَّک صادِقٌ، أَدَّیتَ ناصِحاً، وَقُلْتَ أَمِیناً، وَمَضَیتَ شَهِیداً، لَمْ تُؤْثِرْ عَمی عَلَی الْهُدی، وَلَمْ تَمِلْ مِنْ حَقٍّ إِلی باطِلٍ، صَلَّی اللّهُ عَلَیک وَعَلَی آبائِک وَأَبْنائِک الطَّاهِرِینَ.
پس قبر نورانی را ببوس و دو رکعت نماز زیارت بخوان و بعد از این دو رکعت، هر نمازی که خواستی بجا آر، آنگاه به سجده رو و بگو:
اللّهُمَّ إِلَیک اعْتَمَدْتُ، وَ إِلَیک قَصَدْتُ، وَبِفَضْلِک رَجَوْتُ، وَقَبْرَ إِمامِی الَّذِی أَوْجَبْتَ عَلَی طاعَتَهُ زُرْتُ، وَبِهِ إِلَیک تَوَسَّلْتُ، فَبِحَقِّهِمُ الَّذِی أَوْجَبْتَ عَلَی نَفْسِک اغْفِرْ لِی وَ لِوالِدَی وَ لِلْمُؤْمِنِینَ یا کرِیمُ.
پس طرف راست صورت خود را بر قبر بگذار و بگو:
اللّهُمَّ قَدْ عَلِمْتَ حَوائِجِی فَصَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ وَاقْضِها.
آنگاه جانب چپ صورت را بر قبر بگذار و بگو:
اللّهُمَّ قَدْ أَحْصَیتَ ذُنُوبِی، فَبِحَقِّ مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ صَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ وَاغْفِرْها، وَتَصَدَّقْ عَلَی بِما أَنْتَ أَهْلُهُ.
سپس به سجده برو و «صد مرتبه» بگو: «شُکْراً شُکْراً»؛ آنگاه سر از سجده بردار و به آنچه خواهی و برای هرکه خواهی و او را دوست داری، دعا کن.
نویسنده گوید: سید جلیل علی بن طاووس در کتاب «مصباح الزائر» در یکی از زیارات حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام) این صلوات بر حضرت را که مشتمل بر مقداری از فضایل و مناقب و عبادات و مصائب آن جناب است نقل کرده؛ البته زائر، خود را از فیض خواندن آن محروم نسازد:
اللّهُمَّ صَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَأَهْلِ بَیتِهِ، وَصَلِّ عَلَی مُوسَی بْنِ جَعْفَرٍ وَصِی الْأَبْرارِ، وَ إِمامِ الْأَخْیارِ، وَعَیبَةِ الْأَنْوارِ، وَوارِثِ السَّکینَةِ وَالْوَقارِ، وَالْحِکمِ وَالْآثارِ، الَّذِی کانَ یحْیی اللَّیلَ بِالسَّهَرِ إِلَی السَّحَرِ بِمُواصَلَةِ الاسْتِغْفارِ، حَلِیفِ السَّجْدَةِ الطَّوِیلَةِ، وَالدُمُوعِ الْغَزِیرَةِ، وَالْمُناجاةِ الْکثِیرَةِ، وَالضَّراعاتِ الْمُتَّصِلَةِ،
وَمَقَرِّ النُّهی وَالْعَدْلِ، وَالْخَیرِ وَالْفَضْلِ، وَالنَّدی وَالْبَذْلِ، وَمَأْلَفِ الْبَلْوی وَالصَّبْرِ، وَالْمُضْطَهَدِ بِالظُّلْمِ، وَالْمَقْبُورِ بِالْجَوْرِ، وَالْمُعَذَّبِ فِی قَعْرِ السُّجُونِ وَظُلَمِ الْمَطَامِیرِ، ذِی السَّاقِ الْمَرْضُوضِ بِحَلَقِ الْقُیودِ، وَالْجَِنازَةِ الْمُنَادی عَلَیها بِذُلِّ الاسْتِخْفافِ، وَالْوارِدِ عَلَی جَدِّهِ الْمُصْطَفی، وَأَبِیهِ الْمُرْتَضی، وَأُمِّهِ سَیدَةِ النِّساءِ بِإِرْثٍ مَغْصُوبٍ، وَوَِلاءٍ مَسْلُوبٍ، وَأَمْرٍ مَغْلُوبٍ، وَدَمٍ مَطْلُوبٍ، وَسَمٍّ مَشْرُوبٍ؛
اللّهُمَّ وَکمَا صَبَرَ عَلَی غَلِیظِ الْمِحَنِ، وَتَجَرَّعَ غُصَصَ الْکرَبِ، وَاسْتَسْلَمَ لِرِضاک، وَأَخْلَصَ الطَّاعَةَ لَک، وَمَحَضَ الْخُشُوعَ، وَاسْتَشْعَرَ الْخُضُوعَ، وَعادَی الْبِدْعَةَ وَأَهْلَها، وَلَمْ یلْحَقْهُ فِی شَیءٍ مِنْ أَوامِرِک وَنَواهِیک لَوْمَةُ لائِمٍ، صَلِّ عَلَیهِ صَلاةً نامِیةً مُنِیفَةً زاکیةً تُوجِبُ لَهُ بِها شَفاعَةَ أُمَمٍ مِنْ خَلْقِک، وَقُرُونٍ مِنْ بَرایاک، وَبَلِّغْهُ عَنَّا تَحِیةً وَسَلاماً، وَآتِنا مِنْ لَدُنْک فِی مُوالاتِهِ فَضْلاً وَ إِحْساناً وَمَغْفِرَةً وَرِضْواناً، إِنَّک ذُو الْفَضْلِ الْعَمِیمِ، وَالتَّجاوُزِ الْعَظِیمِ، بِرَحْمَتِک یا أَرْحَمَ الرَّاحِمِینَ.