همان سه عالم بزرگوار [شیخ مفید و شیخ شهید و محمّد بن مشهدی] فرموده اند: رو به سوی قبر ابی جعفر محمّد بن علی الجواد(علیه السلام) کن که پشت سر جدّ بزرگوار خود مدفون است؛ چون نزد قبر آن حضرت ایستادی بگو:
السَّلامُ عَلَیک یا وَلِی اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا حُجَّةَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا نُورَ اللّهِ فِی ظُلُماتِ الْأَرْضِ، السَّلامُ عَلَیک یا ابْنَ رَسُولِ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک وَعَلَی آبائِک، السَّلامُ عَلَیک وَعَلَی أَبْنائِک، السَّلامُ عَلَیک وَعَلَی أَوْلِیائِک، أَشْهَدُ أَنَّک قَدْ أَقَمْتَ الصَّلاةَ، وَآتَیتَ الزَّکاةَ، وَأَمَرْتَ بِالْمَعْرُوفِ، وَنَهَیتَ عَنِ الْمُنْکرِ، وَتَلَوْتَ الْکتابَ حَقَّ تِلاوَتِهِ، وَجاهَدْتَ فِی اللّهِ حَقَّ جِهادِهِ، وَصَبَرْتَ عَلَی الْأَذی فِی جَنْبِهِ حَتَّی أَتَاک الْیقِینُ، أَتَیتُک زائِراً، عارِفاً بِحَقِّک، مُوالِیاً لِأَوْلِیائِک، مُعادِیاً لِأَعْدائِک، فَاشْفَعْ لِی عِنْدَ رَبِّک.
آنگاه قبر را ببوس و صورت خود را بر آن بگذار، سپس دو رکعت نماز زیارت بخوان و بعد از آن هر نمازی که خواهی قرائت کن، پس به سجده رو و بگو:
ارْحَمْ مَنْ أَساءَ وَاقْتَرَفَ وَاسْتَکانَ وَاعْتَرَفَ.
آنگاه طرف راست صورت را بر زمین بگذار و بگو:
إِنْ کنْتُ بِئْسَ الْعَبْدُ فَأَنْتَ نِعْمَ الرَّبُّ.
سپس طرف چپ صورت را روی زمین بگذارد و بگو:
عَظُمَ الذَّنْبُ مِنْ عَبْدِک فَلْیحْسُنِ الْعَفْوُ مِنْ عِنْدِک یا کرِیمُ.
آنگاه به سجده بازگرد و «صد مرتبه» بگو: «شُکْراً شُکْراً» [سپاس سپاس].
سیّد ابن طاووس در کتاب «مزار» فرموده: چون موسی بن جعفر(علیهماالسلام) را زیارت کردی، نزد قبر حضرت جواد(علیه السلام) می ایستی، و آن را می بوسی و می گویی:
السَّلامُ عَلَیک یا أَبا جَعْفَرٍ مُحَمَّدَ بْنَ عَلِی الْبَرَّ التَّقِی الْإِمامَ الْوَفِی، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الرَّضِی الزَّکی، السَّلامُ عَلَیک یا وَلِی اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا نَجِی اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا سَفِیرَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا سِرَّ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا ضِیاءَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا سَناءَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا کلِمَةَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا رَحْمَةَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا النُّورُ السَّاطِعُ،
السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْبَدْرُ الطَّالِعُ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الطَّیبُ مِنَ الطَّیبِینَ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الطَّاهِرُ مِنَ الْمُطَهَّرِینَ؛ السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْآیةُ الْعُظْمی، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْحُجَّةُ الْکبْری، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْمُطَهَّرُ مِنَ الزَّلَّاتِ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْمُنَزَّهُ عَنِ الْمُعْضِلاتِ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الْعَلِی عَنْ نَقْصِ الْأَوْصافِ، السَّلامُ عَلَیک أَیهَا الرَّضِی عِنْدَ الْأَشْرافِ، السَّلامُ عَلَیک یا عَمُودَ الدِّینِ.
أَشْهَدُ أَنَّک وَلِی اللّهِ وَحُجَّتُهُ فِی أَرْضِهِ، وَأَنَّک جَنْبُ اللّهِ، وَخِیرَةُ اللّهِ، وَمُسْتَوْدَعُ عِلْمِ اللّهِ وَعِلْمِ الْأَنْبِیاءِ، وَرُکنُ الْإِیمانِ، وَتَرْجُمانُ الْقُرْآنِ، وَأَشْهَدُ أَنَّ مَنِ اتَّبَعَک عَلَی الْحَقِّ وَالْهُدی، وَأَنَّ مَنْ أَنْکرَک وَنَصَبَ لَک الْعَداوَةَ عَلَی الضَّلالَةِ وَالرَّدی، أَبْرَأُ إِلَی اللّهِ وَ إِلَیک مِنْهُمْ فِی الدُّنْیا وَالْآخِرَةِ، وَالسَّلامُ عَلَیک مَا بَقِیتُ وَبَقِی اللَّیلُ وَالنَّهارُ.
و در صلوات بر آن حضرت بگو:
اللّهُمَّ صَلِّ عَلَی مُحَمَّدٍ وَأَهْلِ بَیتِهِ، وَصَلِّ عَلَی مُحَمَّدِ بْنِ عَلِی، الزَّکی التَّقِی، وَالْبَرِّ الْوَفِی، وَالْمُهَذَّبِ النَّقِی، هادِی الْأُمَّةِ، وَوارِثِ الْأَئِمَّةِ، وَخازِنِ الرَّحْمَةِ، وَینْبُوعِ الْحِکمَةِ، وَقائِدِ الْبَرَکةِ، وَعَدِیلِ الْقُرْآنِ فِی الطَّاعَةِ، وَواحِدِ الْأَوْصِیاءِ فِی الْإِخْلاصِ وَالْعِبادَةِ، وَحُجَّتِک الْعُلْیا، وَمَثَلِک الْأَعْلی، وَکلِمَتِک الْحُسْنی، الدَّاعِی إِلَیک، وَالدَّالِّ عَلَیک، الَّذِی نَصَبْتَهُ عَلَماً لِعِبادِک، وَمُتَرْجِماً لِکتابِک، وَصادِعاً بِأَمْرِک، وَناصِراً لِدِینِک، وَحُجَّةً عَلَی خَلْقِک، وَنُوراً تَخْرُقُ بِهِ الظُّلَمَ، وَقُدْوَةً تُدْرَک بِهَا الْهِدایةُ، وَشَفِیعاً تُنالُ بِهِ الْجَنَّةُ.
اللّهُمَّ وَکما أَخَذَ فِی خُشُوعِهِ لَک حَظَّهُ، وَاسْتَوْفی مِنْ خَشْیتِک نَصِیبَهُ، فَصَلِّ عَلَیهِ أَضْعافَ مَا صَلَّیتَ عَلَی وَلِی ارْتَضَیتَ طاعَتَهُ، وَقَبِلْتَ خِدْمَتَهُ، وَبَلِّغْهُ مِنَّا تَحِیةً وَسَلاماً، وَآتِنا فِی مُوالاتِهِ مِنْ لَدُنْک فَضْلاً وَ إِحْساناً وَمَغْفِرَةً وَرِضْواناً، إِنَّک ذُو الْمَنِّ الْقَدِیمِ، وَالصَّفْحِ الْجَمِیلِ.
آنگاه نماز زیارت بخوان و پس از سلام بگو:
اللّهُمَّ أَنْتَ الرَّبُّ وَأَنَا الْمَرْبُوبُ.