شیخ صدوق در کتاب «من لا یحضره الفقیه» نقل کرده: چون خواستی آن حضرت را زیارت کنی، غسل کن و خود را پاکیزه نما و دو جامه پاک بپوش و در زیارت آن جناب بگو:

اللّهُمَّ صَلِّ عَلَی مُحَمَّدِ ابْنِ عَلِی الْإِمامِ التَّقِی النَّقِی، الرَّضِی الْمَرْضِی، وَحُجَّتِک عَلَی مَنْ فَوْقَ الْأَرْضِ، وَمَنْ تَحْتَ الثَّری، صَلاةً کثِیرَةً نامِیةً زاکیةً مُبارَکةً مُتَواصِلَةً مُتَرادِفَةً مُتَواتِرَةً کأَفْضَلِ مَاصَلَّیتَ عَلَی أَحَدٍمِنْ أَوْلِیائِک، وَالسَّلامُ عَلَیک یا وَلِی اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا نُورَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا حُجَّةَ اللّهِ، السَّلامُ عَلَیک یا إِمامَ الْمُؤْمِنِینَ، وَوارِثَ عِلْمِ النَّبِیینَ، وَسُلالَةَ الْوَصِیینَ، السَّلامُ عَلَیک یا نُورَ اللّهِ فِی ظُلُماتِ الْأَرْضِ، أَتَیتُک زائِراً، عارِفاً بِحَقِّک، مُعادِیاً لِأَعْدائِک، مُوالِیاً لِأَوْلِیائِک، فَاشْفَعْ لِی عِنْدَ رَبِّک.
خدایا درود فرست بر محمّد بن علی پیشوای باتقوا، بی عیب، راضی به حق، پسندیده و حجّتت بر هر که روی زمین و زیر زمین است، درودی بسیار، بالنده، پاکیزه، مبارک، پیوسته، پی درپی پیاپی همانند برترین درودی که بر یکی از اولیایت فرستادی و سلام بر تو ای ولی خدا، سلام بر تو ای نور خدا، سلام بر تو ای حجّت خدا، سلام بر تو ای پیشوای مؤمنان و وارث علم پیامبران و چکیده جانشینان، سلام بر تو ای نور خدا در تاریکی های زمین، زائر به سویت آمدم، عارف به حقّت، دشمن دشمنانت، دوستدار دوستانت، پس مرا نزد پروردگارت شفاعت کن.

آنگاه حاجت خود را بخواه و بعد از آن در بارگاهی که قبر حضرت جواد(علیه السلام) است چهار رکعت نماز بالای سر بخوان، دو رکعت برای حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام)، دو رکعت برای حضرت جواد(علیه السلام) و بالای سر حضرت موسی بن جعفر(علیه السلام) که مقابل قبور قریش است، نماز نخوان که آن ها را قبله خود قرار دادن جایز نیست.

نویسنده گوید: از کلام شیخ صدوق، ظاهر می شود که در آن زمان ها قبر شریف موسی بن جعفر(علیه السلام) از قبر حضرت جواد(علیه السلام) جدا بود، بارگاه و دَرِ جداگانه داشته، مردم پس از زیارت موسی بن جعفر(علیه السلام) بیرون رفته و در بارگاه حضرت جواد(علیه السلام) وارد می شدند.