چون زائر قصد خروج از شهر را کرد آن دو بزرگوار را وداع کند، با دعاهای وداعی که از جمله آن ها دعایی است که شیخ طوسی(علیه الرّحمه) درکتاب «تهذیب» ذکر فرموده: که چون خواستی حضرت موسی بن جعفر را وداع گویی نزد قبر بایست و بگو:

السَّلامُ عَلَیک یا مَوْلای یا أَبَا الْحَسَنِ وَرَحْمَةُ اللّهِ وَبَرَکاتُهُ، أَسْتَوْدِعُک اللّهَ وَأَقْرَأُ عَلَیک السَّلامَ، آمَنَّا بِاللّهِ وَبِالرَّسُولِ وَبِما جِئْتَ بِهِ وَدَلَلْتَ عَلَیهِ، اللّهُمَّ اکتُبْنا مَعَ الشَّاهِدِینَ.
سلام بر تو ای مولایم ای ابا الحسن و رحمت و برکات خدا بر تو باد، به خدا می سپارمت و بر تو سلام می فرستم، به خدا و رسول و به آنچه تو آورده ای و بر آن نشانه نهادی ایمان آوردیم؛ خدایا ما را در شمار گواهان بنویس.

همچنین در وداع حضرت جواد(علیه السلام) می گویی:

السَّلامُ عَلَیک یا مَوْلای یا ابْنَ رَسُولِ اللّه وَرَحْمَةُ اللّه وَبَرَکاتُهُ، أَسْتَوْدِعُک اللّهَ وَأَقْرَأُ عَلَیک السَّلامَ، آمَنَّا بِاللّهِ وَبِرَسُو لِهِ وَبِما جِئْتَ بِهِ وَدَلَلْتَ عَلَیهِ، اللّهُمَّ اکتُبْنا مَعَ الشَّاهِدِینَ.
سلام بر تو ای مولایم ای ابا الحسن و رحمت و برکات خدا بر تو باد، به خدا می سپارمت و بر تو سلام می فرستم، به خدا و رسول و به آنچه تو آورده ای و بر آن نشانه نهادی ایمان آوردیم؛ خدایا ما را در شمار گواهان بنویس.

آنگاه از خدا بخواه که این آخرین زیارت تو نباشد و دوباره توفیق بازگشتن به دست آوری و قبر را ببوس و دو سمت صورتت را بر قبر بگذار.